يحيان در اثبات اين انجيل با مشکلات جدي روبرو هستند وگذشت زمان غموض و پيچيدگي اين مشکلات را اضافه ميکند، و آن مشکلات قرار ذيل است: 
1-	در دست نداشتن اسنادي که به مؤلف منتهي گردد.
2-	مجهول بودن زمان تأليف اين انجيل.
3-	مجهول بودن شخصيت مؤلف.
4-	فقدان نسخۀ اصلي اين انجيل.
5-	مجهول الهویه بودن مترجم اين انجيل.
   اينها همه مواردي هستند که تنها يکي آن کافي است تا صحت اين کتاب را زير سوال برد چه جائيکه همه اي اين علل دريک وقت در اين انجيل موجود اند.

انجيل مرقس:
انجيل مرقس از حيث ترتيب دومين انجيل مي باشد، و زمان تدوين اين انجيل را در ميان سالهاي 65 تا 70 ميلادي ذکر نموده اند.
مؤرخين نام مؤلف اين انجيل را «يوحنا» و لقبش را «مرقس» ذکر نموده اند، و او از جملۀ حواريون نيست.
مسيحيان بر اين عقيده اند که «مرقس» در وقت ظهور مسيح (ع) در بيت المقدس بوده و از سابقه دارترين کساني است که دعوت مسيح (ع) را پذيرفت.
معلومات در بارۀ اين شخص خيلي ناچيز است. آنچه که در مورد او ذکر شده است فقط همين است که او خواهر زادۀ «برنابا» بوده و در سفري که «بولس» بخاطر تبشير برآمده بود او را همراهي ميکرد. او بعد از مدتي دو باره به بيت المقدس مراجعت کرده و پس از آن در شمال افريقا مشغول دعوت بسوي مسيحيت گرديد، و در همانجا بقتل رسيد. و نيز ذکر شده است که او منکر الوهيت مسيح (ع) بود.
انجيل منسوب به سوي «مرقس» به زبان يوناني نوشته شده است و شرح بعضي کلمات لاتيني دران نيز موجود است(4).

آيا مرقس واقعا مؤلف اين انجيل است؟
اين سؤالي است که تا هنوز جواب قناعت بخشي نداشته است. چون برخي از مسيحيان بر اين نظر اند که مؤلف اصلي اين انجيل «پطرس» حواري مي باشد، اما بخاطر منفعت دعوت بسوي مسيحيت، او انجيل خود را به «مرقس» منسوب کرد.
«دينس نينهام» يکي از دانشمندان مسيحي مي گويد: «در ميان اشخاصي که با مسيح رابطه داشتند، چنين شخصي که بنام مرقس باشد، و رابطۀ نزديک با او داشته باشد، و يا در کليساي اولي شهرت داشته باشد، تا هنوز شناخته نشده است. نمي توان ثابت ساخت که «مرقس» نويسندۀ انجيل، همان يوحنا (مرقس) مذکور در اعمال رسولان (فصل12، فقره 12،25) و يا او همان «مرقس» مذکور در رسالۀ اول پطرس و يا رسائل ديگر بولس باشد».
او مي افزايد:  «هنگامي که مي بينيم «مرقس» از شايع ترين نامها در کشور روم بوده آنگاه شک ما در بارۀ شخصيت مؤلف اين انجيل قوي تر مي گردد»(5).
دانشمند ديگر مسيحي بنام «کولمان» نيز مرقس را شاگرد عيسي (ع) نمي داند. او مي گويد:  «گرچه در «عهد جديد» اشارات زياد به يک «يوحنا» ملقب به «مرقس» وجود دارد، اما اين عبارات ذکري از يک مصنف انجيل نمي کند و متن خود مرقس نيز ذکر از مصنف ندارد». 
  نويسندۀ ديگري به نام «آر. پ. رگه» ميگويد: «مرقس نويسندۀ کم ارزش و بيمقدارترين همه اي انجيل نويسان است» (6).
چنين است حال کتابي که مسيحيان عقيده دارند که تحت الهام الهي نوشته شده است.
انجيل لوقا: 
نجيل لوقا از لحاظ ترتيب سومين انجيل است. مؤلف اين انجيل همانند دو مؤلف ديگر از جملۀ شاگردان عیسی (ع) نيست، بلکه او از شاگردان «بولس» و از نزديک ترين ياران او بود.
و گفته شده که او در انطاکيه چشم بجهان گشود، و بعضي ها گفته اند: که او رومي الأصل بوده در ايتاليا پرورش يافته است. و در باره ای حرفه اش گفته شده: که او طبيب بود. بعضي ها گفته اند: که او يک نقاش بود(7). 
زبان و زمان تأليف اين انجيل:
لوقا کتاب خود را به زبان يوناني نگاشته است، و خواسته است تا از وقايع انجام شده بر طبق روايت شاهدان عيني، حکايتي بنگارد، چنانکه او خود تصريح نموده است. اما زمان تأليف اين انجيل را عدۀ ميان سالهاي 58 تا 60 ميلادي گفته اند، و برخي بر اين عقيده اند که لوقا انجيل خود را در ميان سالهاي 80 تا 90 ميلادي نوشته است، انجيل لوقا در نقل معلومات، بيشتر بر انجيل متي و انجيل يوحنا اعتماد ميکند گرچه در مواضعي زيادي ميان لوقا و متي تناقضهاي وجود دارد.
موريس بوکاي ميگويد: «متي و لوقا نسبنامه هاي متفاوتي از عيسي (ع) ارائه ميدهند، و تناقض آنقدر شديد و دوري از حقيقت از نظر علمي، چندان زياد است که فصل ويژۀ به اين امر اختصاص داده مي شود»(8).
اشکالاتي که متوجه اين انجيل است قرار ذيل است:
1-	لوقا شاهد عيني وقايع عيسي (ع) نبوده است.
2-	مجهول بودن شخصيت وي.
3-	اختلاف در زمان تأليف اين انجيل.
4-	تناقضهاي اين انجيل با انجيل متي.

انجيل يوحنا:
اين انجيل از لحاظ ترتيب آخرين اناجيل چهارگانه مي باشد، و بحثها و نظرها در بارۀ مؤلف اين انجيل خيلي متفاوت است، چون برخي از مسيحيان بر اين عقيده اند که يکي از شاگردان عیسی (ع) مي باشد، و نامش «يوحنا پسر زيد صيادي» مي باشد. و بعضي ها او را از شاگردان مدرسۀ فلسفه در اسکندريه قلمداد کرده اند(9).

زمان ومکان تأليف اين انجيل:
مسيحيان در بارۀ محل تأليف اين انجيل احتمالات زيادي را ذکر نموده اند، مثلا «فردريک گرانت» مي گويد: احتمال دارد که او کتاب خود را در انطاکيه و يا در افسس و يا در اسکندريه و ياهم در روما تأليف نموده باشد(10). 
اما تعيين زمان تأليف اين انجيل امري خيلي مشکل است، يکتن از دانشمندان مسيحي بنام «داکتر پوست» ميگويد: اين کتاب احتمالا ميان سالهاي 95، يا 96، يا 98 ميلادي تأليف شده باشد.
و «هورن» عالم ديگر مسيحي در مورد تأليف انجيل يوحنا مي نگارد: «يوحنا انجيل خود را در سال 68، يا 69، يا 70، يا 89 و يا 98 ميلادي تأليف کرده است(11).
نسبت اين انجيل به يوحنا صحت ندارد:
استاد رحمت الله کيرانوي (مؤلف بزرگترين کتاب در نقد مسيحيت) مي فرمايد: هيچ سندي وجود ندارد که نسبت اين کتاب را به يوحنا حواري ثابت سازد.
او مي افزايد: ما شواهد قاطعي در دست داريم که خلاف آنرا ثابت مي سازد.
نخست: در قرن دوم، هنگامي که نسبت اين انجيل بسوي يوحنا حواري مورد انکار قرار گرفت، دراين مورد از «آرينيوس» شاگرد «بوليکارب» که او شاگرد يوحنا حواري بود، پرسش بعمل آمد، آرينيوس در جواب گفت:  من راجع به اينکه اين انجيل از تصنيف يوحناي حواري باشد از استاد خود چيزي نشنيده ام.
دوم: «استادلن» در کتاب خود نگاشته است که نويسندۀ انجيل يوحنا بدون شک يکي از شاگردان مدرسۀ اسکندريه مي باشد.
سوم: دانشمند ديگر مسيحي بنام «برتشنيدر» مي گويد: اين انجيل و هيچ يکي از رسائل منسوب به يوحنا از تأليف وي نيست، بلکه آنها از تأليف شخصي در اوايل قرن دوم مي باشد.
چهارم: فرقۀ «الوجين» يکي از فرقه هاي نصراني در قرن دوم ميلادي، صحت اين انجيل و صحت همه اي تصانيف يوحنا را انکار ميکردند(12).
به همين اساس هنگامي که تزوير اين انجيل به استناد دلائل روشني که ارائه گرديد، برمسيحيان برملا شد، نويسندگان دائرة المعارف بريتانيا که جمعا 500 تن از علماي مسيحي بودند، در مورد اين انجيل چنين داوري کردند: 
انجيل يوحنا بدون شک يک کتاب قلابي و ساختگي است که هدف مؤلف اش نشان دادن اختلاف ميان دو حواري يعني «متي» و «يوحنا» است. اين نويسندۀ جعل کار، در متن کتاب، ادعاء نموده ا