ک سلجوقي سر و سامان يافت ابتدا سلطان برکيارق به قلع و قمع آنها همت گذاشت. سپس بعد از وي سلطان محمد با کمک وزير توانايش ضياء‌الملک احمد از پسران خواجه نظام‌الملک که به نظام‌الملک ثاني موسوم است کار را بر باطنيان اسماعيلي تنگ کرد. بسياري از بلاد آنها را فتح کرد اما بر اثر وفات سلطان ناتمام ماند. از ديگر کارهاي مهم سلطان غازي جهاد وي در هندوستان است که سلطان بتي به وزن ده هزار من را از آنجا به اصفهان آورد. همچنين سلطان محمد در سال 509 لشکري را براي بيرون کردن صليبيان به فلسطين اعزام کرد. اما به علت نفاقي که بين امراي مسلمان الجزيره و شام وجود داشت اين لشکر شکست خورد. سلطان محمد از سال 486 تا 492 به نيابت از برکيارق در گنجه و ارآن حکومت مي‌کرد، از سال 498 تا 511 سلطان کل ممالک سلجوقي بود. وي پادشاهي بود شجاع و عادل و نيکو رفتار و در تمام مدت سلطنتش حرکتي ناپسند از او سر نزد. در تقويت دين اسلامي جد مخصوصي داشت. سلطان محمد همچنين مردي فاضل شاعر و علم‌پرور بود در وقت وفات ابيات زيرا را بر زبان مي‌گردانيد: 
بزخم تيغ جهانگير و گرز قلعه‌گشاي
		جهان مسخر من شد چوتن مسخر راي

بسي بلاد گرفتم بيک اشاره دست
		بسي قلاع گشودم، بيک فشردن پاي

چومرگ تاختن آورد، هيچ سود نداشت
		قضا قضاي خدايست و ملک ملک خداييمدت حکمداري سنجر که قريب شصت و دو سال طول کشيد به دو دوره تقسيم مي‌شود. دوره اول از سال 490 تا 511 ه‍. ق که سنجر عنوان ملکي و از جانب برادران فقط امارت داشت و به لقب ناصرالدين ملقب بوده است. دوره دوم از سال 511 تا 552 که ايام سلطنت و رياست اوست بر کل ممالک سلجوقي با القاب معزالدين و سلطان السلاطين و قبل از اين تاريخ سنجر را ملک مشرق مي‌خواندند. 
سلطان سنجر و سلطان محمود و سلطان برکيارق و سلطان محمد هر چهار نفر پسران ملک‌شاه بودند که بهنگام وفات ملک‌شاه سلطان سنجر ده ساله بود. سلطان سنجر سلطاني عادل و ديندار بود. در عهد او کارها بر جاده سنت و سياست و نهج معدلت قرار گرفت. امور شريعت محمد -صلى الله عليه وسلم- و احکام ملت اسلام، بر طريق اوامر و نواهي الهي طراوات کل يافت و زمين خراسان و عراق و ماوراء‌النهر بغايت آبادان شد. از حدود خطاي و ختن تا اقصاي شام و از بحر خزر تا ملک يمن در حوزه تصرف او شد. مسترشد خليفه عباسي او را سلطان معزالدين سنجر برهان اميرالمؤمنين لقب داد. در ابتداي پادشاهي بهرام‌شاه غزنوي سلطان سنجر به او کمک کرد و وي را به حکومت غزنويان رسانيد. به اين ترتيب حوزه نفوذ وي حتي از پدر و پدربزرگش نيز فراتر رفت. سلطان سنجر در حقيقت تربيت يافته امام محمد غزالي است و وي کتاب نصيحة الملوک را براي او نوشت. اين سلطان بزرگ در طول 62 سال حکفرمايي خود نوزده جنگ کرد که در هفده جنگ پيروز بود. در سال 536 در قطوان سمرقند در جنگي که بين سلطان سنجر و ترکان قراختايي بت‌پرست روي داد بر اثر مخالفت لشکريان سلطان سنجر شکست در سپاهيان وي افتاد و ماوراءالنهر از دست وي خارج شد. در اين جنگ صدمات شديدي به حکومت سنجر وارد شد که قابل جبران نبود. 
در سال 548 سلطنت سنجر عليرغم اينکه قصد جنگ با ترکان غز را نداشت در اثر اصرار بعضي از فرماندهان خود مانند پرنقش با آنها جنگ کرد. چرا که غزهاي بت‌پرست از پرداختن مقرري ساليانه خودداري کرده بودند ولي بعد از آنکه سلطان با صد هزار سپاهي به سراغ آنها رفت از کرده خود پشيمان شدند و از او طلب بخشش کردند. اما سلطان بر اثر اصرار جمعي از فرماندهاش با آنها جنگ کرد. در اين جنگ نيز مانند جنگ قطوان بعضي از امرا در جنگ سستي کردند و از ميدان جنگ فرار نمودند بهمين خاطر سلطان از غزان شکست خورد و بدست آنها اسير گشت. اما غزان او را دوباره بر تخت نشاندند و مدت تقريباً چهار سال خود بنام سلطان حکومت کردند. 
آنها در اين مدت خرابي‌هاي بي‌شماري کردند بسياري از علماء و بزرگان را در زير شکنجه بشهادت رساندند. از جمله امام محمدبن يحيي که با پر کردن دهان وي از خاک او را شهيد کردند و خاقاني در حق او گفته است: 
در ملت محمد مرسل نداشت کس
		فاضل‌تر از محمد يحيي فناي خاک

آن کرده گاه تهلکه، دندان فداي سنگ
		وين کرد، روز قتل، دهن را فداي خاک

در سال 551 سلطان سنجر بنام رفتن به شکار خود را از دست غزان آزاد کرد و امرايش را جمع‌آوري نمود و به مرو رفت، اما چون سلطان ديگر پير شده بود و ولايات خراب گشته و وي در 26 ربيع‌الاول سال 553 ه‍. ق درگذشت. ممالک سلجوقي ديگر روي وحدت نديد. 
امير معزي مي‌گويد: 
وفات شاه جهان سنجر نکوسيرت
		که بود در چمن خسروي خرامان سرو

بروز شنبه چهار از ربيع‌الاول بود
		بسال پانصد و پنجاه و سه بخطه مرو

سلطان هنگام مرگ هفتاد و دو سال داشت. 
دولت وسيع سلجوقيان که از بدو اسلام تا تاريخ تأسيس اين سلسله دولتي به آن عظيمت تشکيل نيافته بود در ماوراء‌النهر و توران و خراسان و عراق رويهمرفته 161 سال طول کشيد از سال 427 تا 590 با مرگ طغرل سوم. 
طغرل اول و آلب ارسلان و ملک‌شاه و برکيارق و محمد و سنجر را که در عهد ايشان جميع ممالک سلجوقي از کاشغر تا انطاکيه تحت يک امر بوده سلاجقه بزرگ و فرزندان و فرزندزادگان محمد را که در ري و همدان و کردستان سلطنت مي‌کرده‌اند. سلاجقه عراق مي‌خوانند. سلاجقه عراق تا انقراض سلاجقه بزرگ جزو آنها بودند بعد از آن مستقل عمل کردند. سلاجقه بزرگ 
1- رکن‌الدين ابوطالب طغرل‌بن ميکائيل بن سلجوق 	429-455 ه‍. ق 
2- عضدالدين ابوشجاع آلب ارسلان محمدبن جغري‌بک	455-465 
3- معزالدين ابوالفتح ملک‌شاه حسن‌بن آلب ارسلان	465-485 
4- رکن‌الدين ابوالمظفر برکيارق بن ملک‌شاه 	485-498 
5- غياث‌الدين ابوشجاع محمدبن ملک‌شاه	498-511 
6- معزالدين ابوالحارث سنجر احمدبن ملک‌شاه 	511-552
سلاجقه عراق (تجزيه حکومت سلجوقيان به سلجوقيان کرمان و عراق) 
7- مغيث‌الدين ابوالقاسم محمودبن محمدبن ملک‌شاه	511-525 
8- غياث‌الدين داوود بن محمود 	525 تا 526 (8 ماه)
9- رکن‌الدين ابوالفتح مسعود پسر سلطان محمد 	526- 529 
10- غياث‌الدين ابوالفتح مسعود پسر سلطان محمد 	529-547 
11- معزالدين ابوالفتح ملک‌شاه ثاني پسر سلطان محمود 	547-547
12- غياث‌الدين ابوشجاع محمد ثاني پسر سلطان محمود	547-554
13- غياث‌الدين ابوشجاع سليمان شاه‌بن سلطان محمد	554-556 
14- رکن‌الدين ابوالمظفر ارسلان شاه‌بن طغرل ثاني	556-571 
15- رکن‌الدين ابوطالب طغرل سوم پسر ارسلان شاه 	571-590
حکومت سلجوقيان کرمان در 580 ه‍. ق منقرض مي‌شود. ولي سلجوقيان روم تا سال 700 ه‍. ق دوام آورد. 1- ملحدان اسماعيلي: آنها با ترور افراد کليدي حکومت سلجوقيان مانند خواجه نظام‌الملک و فرزندانش پايه‌هاي حکومت سلجوقيان را سست کردند. 
2- قدرت‌طلبي دوباره عباسيان: بعد از آنکه سلجوقيان خلافت عباسي را از خطر انقراض نجات دادند. خلفاي عباسي روز بروز بر قدرت سياسي و نظامي خود افزودند و در آخر دوران سلجوقي خواهان برچيده شدن حکومت آنها شدند. 
3- فرمانروايان سلجوقي: امراي ترک و اتابکان در ولايات گوناگون مانند شام و روم و فار