رلي بعد از عقد قرارداد بازرگاني در زمان شاه طهماسب اول با جنکينسون خود را آماده آمدن به ايران کردند، آنها با تشويق افرادي همچون آنجلو کشيش سرشناس انگليسي که مدتي مقيم ايران بود راهي ايران شدند. در سال 1598 ميلادي هيئت 26 نفره انگليسي به سرپرستي سررابرت شرلي و برادرش سرانتوني شرلي در قزوين به حضور شاه عباس اول رسيد. اين هيئت داراي کارشناساني در زمينه‌هاي مختلف نظامي از جمله متخصص‌هايي در زمينه پياده نظام و توپخانه و سواره نظام بود. الهوردي فرمانده کل قواي ايران از هيئت شرلي بسرعت استفاده کرد. و با استفاده از تخصص آنها انقلاب نظامي در ايران بوجود آورد. شرلي‌ها صنعت توپخانه در ايران ايجاد کردند و ايران بزودي صاحب پانصد عراده توپ جنگي شد. و به اين ترتيب توسط انگليسي‌ها ارتشي در ايران بوجود آمد که توانست اروپاي مسيحي را بقول اروپائيان از دست عثماني‌ها نجات دهد. براي اروپايي فرق نمي‌کرد چه ايراني و چه عثماني مهم اين بود که آنها همديگر را بکشند. در همان زمان عثماني در داخل گرفتار هرج و مرج بود سلطان سليمان باشکوه درگذشته بود سلطان محمود سوم نيز بعد از جنگ 603 م وفات مي‌کند و سلطان احمد به جايش مي‌نشيند عثماني مجبور بود در چهار جبهه مختلف بجنگد جبهه لهستان – جبهه امپراطوري اتريش مجارستان – جبهه روسيه تزار –جبهه ايران. نوسازي ارتش ايران باعث شد که براي مدت کوتاهي قسمتي از متصرفات عثماني به تصرف صفويه درآيد. بعد از مرگ الهوردي سررابرت شرلي به رياست کل قشون ايران رسيد و شاه عباس به واسطه جنگ‌هاي او با عثماني هداياي بي‌شماري به او داد. انگليسيي‌ها، از همان آغاز روابط خود با ايران، بنا را بر تزوير گذاشته بودند و براي حفظ منافع خود، به دسايس گوناگون متوسل مي‌شدند. نخستين آثار استعمار و کاپيتولاسيون انگليس در ايران در عصر شاه عباس اول مشاهده مي‌شود. آنها تحت پوشش آزادي تجارت و کسب امنيت، حقوقي به دست مي‌آوردند که مردم ايران هيچگاه از آن بهره‌مند نبودند. محتواي فرمان‌هاي ملوکانه شاه عباس نه تنها آزمندي و حيله‌گري بيگانگان بخصوص انگليسي‌ها را نشان مي‌دهد، بلکه بيانگر آن است که شاه عباس و ديگر شاهان صفوي براي مردم کشور خود اعتبار و اهميتي قائل نبودند و آنها را به بيگانگان مي‌فروختند. در فرماني که شاه عباس براي گروهي از بازرگانان انگليسي در سال 1026 ه‍. ق (1617 ميلادي) صادر کرده، چنين نکاتي به چشم مي‌خورد: (1)
... ديگر آن جمعي از مردم انگليس که به تجارت و سوداگري به ممالک محروسه آيند، هر قسم اسلحه ويراقي که خواهند نگاه دارند، احدي معترض نشود و اگر احدي از هر طبقه ميان ايشان دزدي يا حرامگيري کند، اگر در محل دزدي يا حرامگيري آن کس کشته شود، حکام معترض نشوند و اگر دزد يا حرامي گرفتار شود، اگر دزد يا حرامي مسلمان باشد، حکام آن محل در حضور قنسول بعد از خاطر نشان، او را جزا و سزا رسانند و اگر فرنگي باشد، قنسول او را به قتل رساند. 
... ديگر اگر ميان مسلمانان و مردم انگليس در داد و ستد معاملات قضاياي جزئيه روي نمايد که رجوع به شرع شود، حکام او را نزد قنسول انگيس فرستد که قنسول ايشان را به شرع برده و آنچه موافق شرع باشد به عمل آورند. 
پيروزي‌هاي شاه عباس در جبهه‌هاي مختلف ديري نپائيد چرا که سلطان مراد چهارم بعد از سر و سامان دادن به اوضاع آشفته امپراطوري عثماني و نابود کردن باندهاي فساد و رشوه‌خواري به کار گماري افراد لايق کليه مناطق تصرفي شاه عباس از جمله بغداد را تصرف کرد و شاه عباس دوم را مجبور کرد که از آزار و اذيت اهل سنت در ايران خودداري کند. بين دو طرف قرارداد صلح قصر شيرين به امضا رسيد و طبق آن مرزهاي دو کشور بر اساس مرزهاي امروزه تعيين شد. شاه جهان از سلاطين بزرگ گورکاني هند نيز در سال 1052 ه‍ ق ولايت قندهار را از ايران باز پس گرفت. جانشينان شاه عباس اول حوزه اقتدارشان در حقيقت ايران امروزي بود و هيچکدام از آنها قدرت رويارويي با سلاطين عثماني يا گورکاني را نداشتند. جنگ‌هاي خونيني که بين ايران و عثماني متداول بود با قرارداد صلح قصر شيرين خاتمه يافت بعد از آن ديگر جنگ مهمي بين طرفين روي نداد. 
...................................
(1) ايران و جهان، دکتر عبدالحسين نوايي، صفحه 242-243. شاه حسين در حقيقت آخرين شاه صفويه است که بر ايران حکمراني کرده است. وي در مجموع سه هزار دختر و دو هزار زن را عقد کرد. دستور داده بود در فصل بهار هر سال همه دختران و زنان اصفهاني بمدت سه روز در بازارها و خيابان‌ها با عشوه و ناز جمع شوند و مردان در خانه بمانند، تا شاه با اتفاق عده‌اي از همسران و نوکران خود از بين آنها هر که را مي‌خواست با خود ببرد. امور واقعي مملکت در دست علامه مجلسي بود. در همان اوان حکومت، شاه حسين شاهنواز خان گرجي ملقب به گرگين خان و خسروخان از مريدان مجلسي را به حکومت افغانستان منصوب کرد. گرگين خان حاکم قندهار شد طبق نظر علماي صفويه به رهبري مجلسي اهل سنت کافر محسوب مي‌شدند و تجاوز به جان و مال و ناموس آنها حلال بود. اين فتوا باعث شد که مريدان مجلسي تجاوز را در حق اهل سنت از حد بگذرانند. بدنبال بي‌حرمتي از طرف وزير اعظم شاه حسين در حق اميرخان از بزرگان افغانستان که به دادخواهي به دربار آمده بود. و نامه آن ملعون به گرگين‌خان مبني بر اينکه هر چه مي‌تواند بر سر اهل سنت بياورد شيرمرد دلير اسلام محمود افغاني تصميم به قلع و قمع دشمنان اهل سنت و ايران گرفت و توانست حکومت قشري و خونخوار و غرق در شهوت‌پرستي را برافکند. محمود افغاني به تصريح آصف الحکما در رستم التواريخ جواني بود بکلمات صوريه و معنويه و آراسته و در فطنت و کياست و رشادت و تميز و نظم و نسق و موافق حساب و احتساب بي‌باک و کشنده هر دزد و راهزن و ظلم و ناپاک بود. بگذريم از اينکه کوردلان حکومت محمود افغان را حکومتي خارجي و افغانستان را که يکي از پيکره‌‌هاي اصلي ايران زمين بوده است سرزميني اجنبي معرفي مي‌کنند و با اين حال خود را ايراني تمام عيار مي‌پندارند. اين کوردلان هيچگاه نخواسته‌اند بفهمند که اين صفويه بود که باعث شد افغانستان – ترکمنستان – قفقاز - آناتولي و عراق از ايران جدا شوند و اين ننگي است بر پيشاني حکومت صفويه و هوادرانش که هيچگاه در تاريخ ايران زمين به فراموشي سپرده نخواهد شد. بدين ترتيب حکومت ترور و وحشت و قشري و صفويه در ايران برچيده شد. و ايرانيان توانستند تا حکومت يکي ديگر از قبايل قزلباش بنام افشار نفس راحتي بکشند اما افسوس که آن دوران بسيار کوتاه بود و دزدان افشار ايران را به ويرانه‌اي تبديل کردند که در حالي که ساير ملل جهان به ويژه در اروپا به سوي ترقي پيش مي‌رفتند. صفويه براي پيشبرد مذهب و حکومت خود شديداً با علم و علم‌آموزي مبارزه کرد. در همان اوان حکومت صفويه دانشمندان بزرگواري همچون قاضي ميبدي به دست آنها به شهادت رسيدند. اين امر باعث شد که گروه کثيري از دانشمندان به مما