د کليه مردم از شهر خارج شوند. سپس دستور تاراج شهر را مي‌دهد سربازان او به زنان و دختران مردم در جلوي چشمان آنها تجاوز مي‌کنند، در ميان آن همه مردم تنها قاضي‌ صدرالدين و امام رکن‌الدين و فرزندش امامزاده از ناموس خود دفاع مي‌کنند و هر سه نفر نيز به شهادت مي‌رسند. مغول کليه مدارس و مساجد را آتش مي‌زنند سپس مردم را دسته دسته مي‌کنند هنرمندان و صنعتگران را به مغولستان مي‌فرستد. زنان و کودکان را به بردگي مي‌گيرند و جوانان و مردان ديگر را به عنوان سپاه حشر با خود مي‌برند. خستگان را نيز در راه مي‌کشند. شهر سمرقند بعد از چند روز مقاومت تسليم مي‌شود. بعد از شهادت 70 هزار تن از دليران سمرقندي در خارج شهر بدست مغول سربازان خوارزمي با زور دروازه‌ها را به روي مغول باز مي‌کنند و با خانواده‌هاي خود پيش مغولان مي‌روند. مغولان بعد از گرفتن اسلحه و چارپايان آنها همه آن سربازان را که بالغ بر پنجاه هزار تن بودند را بجرم خيانت به هم کيشان خود مي‌کشند و زنان و کودکانشان را به بردگي مي‌برند، سپس همان کاري را که با مردم بخارا کرده بودند با سمرقندي‌ها نيز مي‌کنند. سلطان محمد 2 بار لشکر به کمک سمرقندي‌ها فرستاد بار اول ده هزار نفر بار دوم بيست هزار نفر اما هر دو گروه از ترس روبرو شدن با مغول بدون جنگ برمي‌گردند. 
در حمله مغول هيچ شهري در ماوراءالنهر و خراسان از کشتار و غارت نجات نيافت و چون ماجراي چگونگي فتح شهرها و کشتار مردم در منابع متعدد تاريخي با تمام تفاصيل آمده است، از پرداختن به آن خودداري مي‌کنم و با نگاهي خلاصه‌وار به تعداد کشته‌شدگان بعضي از شهرها براي آنکه عمق فاجعه نمايان شود به آن خاتمه مي‌دهم. تعداد کشته‌شدگان مرو به نظر ابن اثير هفتصد هزار نفر و به گفته جوزجاني دو ميليون و چهارصد هزار کس – تعداد کشته‌شدگان هرات در سال 619 ه‍. ق به گفته جوزجاني يک ميليون و چهارصد هزار کس و به گفته سيفي يک ميليون و ششصد هزار کس. در اين ميان بسياري از شهرها مانند نيشابور که در آن شهر تغاجار داماد چنگيز کشته شده بود کلاً قتل‌عام مي‌شوند، حتي مغول به حيوانات نيز رحم نمي‌کنند بيش از يک ميليون و هشتصد هزار کشته. در شهر باميان نيز کليه مردم با تمامي جانداران به قتل مي‌رسند، چرا که در آن شهر نيز پسر جغتاي نوه چنگيز به قتل رسيده بود و چنگيزخان که بعضي از نويسندگان و تاريخ‌نگاران او را مي‌ستايند و مي‌گويند که قصد انتقام‌گيري نداشت دستور مي‌دهد حتي جنين در شکم مادر و گربه‌ها و سگ‌ها را نيز بکشند. سلطان محمد بجز جلال‌الدين پسراني به شرح زير داشت: 
1- کماخي‌شاه و خان سلطان نوزاد بودند، به دنبال دستگيري ترکان خاتون مادر سلطان محمد کشته شدند. 
2- آق سلطان همراه اوزلاغ‌شاه بدنبال رفتن جلال‌الدين از خوارزم به دنبال او روانه مي‌شوند اما در بين راه بدست مغولان کشته مي‌شوند. 
3- رکن‌الدين غورسانچي: از طرف پدر به حکمراني عراق عجم منصوب شده بود، بعد از رفتن به کرمان و سياست کردن اسماعيليان که مردم کرمان را به آيين خود دعوت مي‌کردند، براي مقابله با تاتار به يکي از قلاع آن منطقه در حوالي اصفهان به نام استوناوند رفته و سنگر مي‌گيرد. تاتار نيز نيز همزمان آن قلعه را محاصره مي‌کند؛ بر اثر غفلت نگهبانان مغول موفق مي‌شود به درون قلعه نفوذ کند و سلطان و همه همراهانش در جنگي که روي مي‌دهد شهيد مي‌شوند. 
4- اوزلاغ‌شاه: سلطان محمد بخاطر اجبار مادرش ترکان خاتون اوزلاغ‌شاه را جانشين خود کرده و او را بر خراسان و خوارزم و مازندران حاکم نمود. او به همراه برادرش آق سلطان توسط مغول کشته مي‌شود. 
5- غياث‌الدين پيرشاه: سلطان محمد او را حاکم کرمان، کيش و مکران کرده بود. وي در جنگ اصفهان با سپاهيان تحت امرش ميدان نبرد را خالي مي‌کند و مي‌گريزد به پيش ملاحده مي‌رود بعداً به پيش براق حاجب حاکم کرمان که از جانب وي بر کرمان حکم مي‌راند، مي‌رود. براق حاجب مادرش را به عقد خود درمي‌آورد اما چندي بعد براق حاجب غياث‌الدين را مي‌کشد. 
سلطان جلا‌ل‌الدين مردي ترک‌شکل و ترکي‌گويي بود که زبان فارسي نيز تکلم مي‌کرد، وي بسيار شجاع، عدل‌دوست و عدل‌گستر، کم‌سخن، دوستدار رفاه رعيت ستايشگر مردم عادل بود. وي هيچگاه دشنام نمي‌داد، خنده او جز تبسم نبود. حلمي تمام داشت، خود را کمتر از آنچه بود مي‌خواند، از تکبر دور بود، علامت او بر توقيعات النصر من الله وحده بود. ابن اثير در جلد بيست و هفت تاريخ الکامل خود در صفحات 122 تا 123 سلطان جلال‌الدين را مردي فوق‌العاده داراي روحيه‌اي خستگي‌ناپذير و اراده نيرومند و پايداري و استقامتي که عقل‌ها را به حيرت مي‌انداخت وصف مي‌کند. سلطان محمد خوارزمشاه قبل از وفات اوزلاغ‌شاه را از وليعهدي خود خلع کرد. سلطان جلا‌ل‌الدين را به وليعهدي منصوب کرد. به سبب شجاعت و کارداني جلال‌الدين سلطان محمد هيچگاه جلا‌ل‌الدين را از خود دور نمي‌کرد. در موقع تقسيم مملکت خوارزمشاهي سلطان محمد جلا‌ل‌الدين را به حکمراني غزنه، باميان، غور، بست، تکناباد، زمين داور و هند منصوب کرده بود. اما به جايش شهاب‌الدين هروي را به وزارت آنجا گماشت و جلال‌الدين را پيش خود نگه داشت. جلال‌الدين بعد از وفات پدر در سال 618 ه‍. ق به خوارزم بازگشت. افرادي مانند توخي پهلوان خال اوزلاغ‌شاه ملقب به قُتلُغ از قبيله ترکان خاتون (بياووت) چون مي‌دانستند، ديگر مثل گذشته قادر به دست زدن به کارهاي غير قانوني و خودسر و تجاوز نخواهند بود لذا تصميم مي‌گيرند که جلال‌الدين را بکشند و اوزلاغ‌شاه را به قدرت نشانند، تا همچون گذشته فرمان نافذ و تسلط کامل خود را بر امور همچنان محفوظ دارند. اين خيانت توسط يکي از خواصان جلال‌الدين به گوش او مي‌رسد و وي ناچاراً پايتخت را رها کرده و به خراسان مي‌رود. اگر اين خيانت نبود، سرنوشت مغول چيز ديگري بود. قطعاً در جنگاوري و مقاومتي که خوارزميان از خود نشان دادند اگر فرماندهي همچون جلا‌ل‌الدين داشتند غائله مغول را به نابودي مي‌کشاندند. 
جلال‌الدين همچون مردان، از راه فساء عازم شادباخ شد. وقتي به استوا رسيد در پشته شايقات با لشکر تاتار دست و پنجه‌اي نرم کرد. با تعدادي اندک هفتصد تن از مغول را به هلاکت رساند و آنان را متواري کرد. و اسبان و لوازم جنگي و ساير ملزومات آنان را تصاحب نمود. اين اولين برخورد سلطان بعد از بازگشت وي به ماوراءالنهر خراسان بود. سلطان به غزنين رفت. بعد از آن تا جنگ سند سلطان هفت بار با مغول جنگيد و در همه آن جنگ‌ها مغول‌ها را بسختي شکست داد. سلطان در غزنين شنيد که امين‌الملک به نه هزار سپاهي جنگ‌ديده، شيران و دليران روز غوغا به سوي هرات بازگشته، نامه‌اي به او فرستاد و او را به پيش خود فراخواند. سلطان با کمک امين‌الملک در شهر قندهار همه مغولان را که به محاصره شهر قندهار مشغول بودند را کشت به جز تعداد اندکي، موفق به فرا