مكه بود و خطاب به مسلمانان فرمود: «سرزمين هجرت شما را كه داراي نخل مي باشد و ميان دو سنگلاخ، واقع شده است، به من نشان دادند». آنگاه، تعدادي از مسلمانان بسوي مدينه هجرت كردند و بيشتر كساني كه به سرزمين حبشه، هجرت كرده بودند، به مدينه رفتند. ابوبكر نيز خود را براي هجرت به مدينه، آماده ساخت. رسول الله (ص)  به او گفت: «كمي صبر كن. اميدوارم به من نيز اجازة هجرت بدهند». ابوبكر گفت: پدرم فدايت باد. آيا چنين اميدي وجود دارد؟ فرمود: «بلي». پس ابوبكر (رض) بخاطر اينكه رسول خدا (ص)  را همراهي كند، از هجرت خودداري نمود. و دو شتر را بمدت چهار ماه با برگ درخت مغيلان، ‌تغذيه كرد.
روزي، هنگام ظهر در خانة پدرم؛ ابوبكر؛ نشسته بوديم كه شخصي به او گفت: اين، 
رسول خدا (ص)  است كه سر و رويش را پوشانده است و بر خلاف عادت گذشته، در اين ساعت، آمده است. ابوبكر گفت: پدر و مادرم، فدايش باد. سوگند به خدا، كار مهمي او را در اين ساعت به اينجا آورده است.
بهرحال، رسول الله (ص) آمد و اجازة ورود خواست. به او اجازه دادند. وارد خانه شد و به ابوبكر گفت: «اطرافيانت را بيرون كن». ابوبكر گفت: اي رسول خدا! پدرم فدايت باد. اينها، اهل تو هستند. آنحضرت (ص) فرمود: «به من اجازة خروج (هجرت) رسيده است». گفت: اي        رسول خدا! پدرم فدايت باد. آيا مي توانم همراه تو باشم؟ آنحضرت (ص)  فرمود: «بلي». گفت: اي رسول خدا! پدرم فدايت باد. يكي از اين دو شتر را بردار. رسول اكرم (ص) فرمود: «فقط آنرا در قبال پول، برمي دارم».
ما آن دو شتر را به سرعت، آماده كرديم و براي آنان، غذايي در يك سفرة چرمي، تدارك ديديم. آنگاه، اسماء دختر ابوبكر، از كمر بندش، قطعه اي پاره كرد و دهانة سفره را با آن بست. بدين جهت، او را ذات النطاقين مي گويند.
آنگاه، رسول الله (ص)  و ابوبكر به غاري كه در كوه ثور، قرار دارد، رفتند و سه شب در آنجا مخفي شدند. و عبد الله بن ابي بكر رضي الله عنهما نيز كه جواني هوشيار و زيرك بود، شبها را با آنان مي گذارند. و هنگام سحر از آنجا حركت مي كرد و طوري صبح زود، به مكه نزد قريش مي آمد كه گويا شب را آنجا بوده است.
او تمامي توطئه هاي قريش را بخاطر مي سپرد و در تاريكي شب، نزد آنان باز مي گشت و آنها را با خبر مي ساخت.
از طرفي ديگر، عامر بن فهيره؛ غلام آزاد شدة ابوبكر رضي الله عنهما؛ گوسفندان شيردِه را در آن حوالي مي چرانيد. و هنگامي كه پاسي از شب مي گذشت، آنها را نزد آنان مي برد و اينگونه آنان شب را با نوشيدن شير تازه و داغ، سپري مي كردند. سپس در تاريكي، بانگ مي زد و گوسفندان را از آنجا مي راند. و هر سه شب، چنين كرد.
همچنين رسول خدا (ص) و ابوبكر (رض) مردي از قبيله بني ديل را كه از تيرة بني عبد بن عدي و راهنمايي ماهر بود، اجير كردند. او هم پيمان آل عاص بن وائل سهمي و بر دين كفار قريش بود. آنان او را امين دانستند و شترانشان را به او سپردند و با او وعده گذاشتند كه بعد از سه شب، يعني صبح روز سوم، شترانشان را به غار ثور بياورد. اينگونه آنها با عامر بن فهيره و راهنماي خود، براه افتادند. آن شخص (راهنما) آنها را از طريق ساحل برد.
سراقه بن جعشم مدلجي مي گويد: فرستادگان كفار قريش، نزد ما آمدند وبراي دستگيري يا كشتن هر يك از رسول خدا (ص)  و ابوبكر، جايزه اي به اندازة خونبها (صد شتر) تعيين كردند. در آن اثنا، من در يكي از مجالس  قوم ام؛ بني مدلج؛ نشسته بودم كه مردي از راه رسيد و كنار ما ايستاد و گفت: اي سراقه! هم اكنون افرادي را در ساحل ديدم. گمان مي كنم كه محمد و يارانش باشند. سراقه مي گويد: يقين كردم كه آنها هستند. گفتم: كساني را كه تو ديده اي، آنها (محمد و ابوبكر) نيستند. بلكه فلاني و فلاني را ديده اي كه چند لحظه قبل، از اينجا رفتند.
سپس، ساعتي در آن مجلس، نشستم. آنگاه برخاستم و به خانه رفتم و به كنيزم، دستور دادم تا اسبم را از خانه بيرون كند و به پشت تپه ها ببرد و آنجا منتظر من بماند. من هم نيزه ام را برداشتم و از پشت خانه بيرون رفتم. سرِ نيزه را بسوي زمين گرفتم و قسمت ديگر آنرا پايين آوردم تا اينكه به اسبم رسيدم و بر آن سوار شدم و به سرعت آن را دوانيدم تا اينكه به آنها نزديك شدم. در آن هنگام، اسبم لرزيد و من به زمين افتادم. پس برخاستم و دستم را به  جعبة تير بردم و تيرهاي قمارم را از آن، بيرون آوردم و با آنها فال گرفتم. نتيجة فال، خلاف آنچه دوست داشتم، در آمد. بدون توجه به آن (فال) بر اسبم سوار شدم و آنرا بسوي آنان دوانيدم تا جايي كه قرائت رسول خدا (ص) را شنيدم. آنحضرت (ص) بسوي من نگاه نمي كرد اما ابوبكر بسيار نگاه مي كرد. اين بار، دستهاي اسبم تا زانو در زمين فرو رفت و من به زمين افتادم. سپس فرياد زدم و اسب، به سختي برخاست. هنگامي كه راست ايستاد، غباري مانند دود از اثر دستهايش به آسمان برخاست. بار ديگر، فال گرفتم و نتيجة  فال، خلاف آنچه دوست داشتم، در آمد. پس صدا زدم و از آنها، امان خواستم. آنان ايستادند. من بر اسبم سوار شدم و نزد آنان رفتم. البته هنگامي كه ديدم 
نمي توانم به آنها برسم، چنين به ذهنم رسيد كه دين رسول خدا (ص) بزودي غلبه خواهد كرد. به او گفتم: همانا قوم ات براي دستگيري يا كشتن ات، جايزه اي به اندازه ديه، تعيين كرده است و آنها را از قصد مردم، با خبر ساختم و به آنان، غذا و كالا، پيشنهاد دادم. ولي نپذيرفتند. و از من چيزي نخواستند جز اينكه رسول خدا (ص)  فرمود: «راز ما را پوشيده نگه دار». سپس خواستم تا امان نامه اي برايم بنويسد. رسول اكرم (ص) به عامر بن فهيره دستور داد. او نيز آن را بر پوستي كه دباغي شده بود، نوشت.
آنگاه رسول خدا (ص) به راهش ادامه داد و با زبير و گروهي از تاجران مسلمان كه از شام برمي گشتند، ملاقات نمود. زبير به رسول خدا (ص) و ابوبكر، لباس سفيد، هديه كرد.
از سوي ديگر، مسلمانان مدينه هم با خبر شدند كه رسول خدا (ص) از مكه، خارج شده است. لذا آنان، هر روز صبح، به سنگلاخ خارج مدينه مي رفتند و منتظر او مي ماندند تا اينكه گرماي ظهر،‌آنان را به خانه بر مي گردانيد.
روزي، پس از يك انتظار طولاني، به خانه هايشان برگشتند. هنگامي كه به خانه هايشان رفتند، مردي يهودي كه براي كاري، بالاي يكي از قلعه هايشان رفته بود، رسول خدا (ص) و يارانش را در لباس سفيد ديد. اما سراب نمي گذاشت كه بخوبي ديده شوند. او كنترلش را از دست داد و با صداي بلند، فرياد زد: اي گروه عرب! اين، صاحب دولتي است كه شما منتظر او بوديد. مسلمانان بسوي اسلحه هايشان شتافتند و در همان سنگلاخ، با رسول خدا (ص) ملاقات كردند. آنحضرت (ص) راه آنان را بسوي راست، كج كرد تا اينكه در محلة بني عمرو بن عوف، منزل گرفت. و آن روز، دوشنبه ماه ربيع الاول بود. ابوبكر (رض) براي استقبال مردم، ايستاده بود و رسول خدا (ص) ساكت، نشسته بود. انصاري كه رسول اكرم (ص) را نديده بودند، هنگام آمدن، به ابوبكر خوش آمد مي گفتند تا اينكه آفتاب به آنحضرت (ص) رسيد. آنگاه، ابوبكر برخاست و با ردايش او را در سايه گرفت. اينجا بود كه مردم، رسول خدا (ص)  را شناختند.
آنحضرت (